熊本県で１４日夜に相次いで発生したマグニチュード６．５および６．４の強い揺れにより、少なくとも３人が亡くなり、７人が重症、１００人余りが軽傷を負った。最大震度７を観測した益城町ではガス漏れによる火災が発生、少なくとも２０棟の建物が倒壊し、住民が生き埋めになった可能性もあるとしている。被害を受けた地区では少なくとも１万６７００戸が停電、３万８０００戸が断水した。現地時間１４日夜９時２６分（台湾時間８時２６分）、熊本県熊本地区で発生したマグニチュード６．５の強い揺れの震源の深さはおよそ１１キロメートル。熊本県益城区、玉名市、西原村でも強い揺れを観測し、宮崎県でも強い揺れを感じた。その後現地時間１５日未明１２時３分（台湾時間１４日夜１１時３分）にまた６．４の強い地震が発生し、震源地は同じく熊本県、震度は１０キロメートル。

２回の強い地震と余震が続き、最大深度を観測した益城町では３人が死亡、１００人余りが怪我を負い、３０００人以上が病院や学校に避難したと伝えられた。市内の道路は亀裂が走り、住宅は倒壊し住民が生き埋めになっている可能性もあり、自衛隊員３９０人が派遣され救援にあたる。
日本気象協会によると、この先１週間は強い余震が起こる可能性があると見ている。菅義偉官房長官によると、全国の消防署に５００件余りの救助を求める通報が入っている模様。震源地近くでは火災の報告もあり、信号もその機能を失っている。

九州新幹線は運転を休止しており、総合車両所を目指していた回送列車が揺れのため脱線したが、乗客はいなかった。ＪＲ九州も全線で運転を休止している。

鹿児島県薩摩川内市の川内原発は現在のところ日本で唯一稼働する原発であり、九州電力によると川内原発は地震の影響は受けておらず引き続き稼働中である。また、玄海原発はもともと稼働を停止しており、地震の影響も受けていない。

熊本県熊本市にあるスーパーでは、地震の揺れにより商品が棚から落ちて割れたり、セメントが崩れ落ちるなど建物も損害を受け、観光地として有名な熊本城の外壁も一部崩れ落ちた。

日本政府は官邸管理センターに官邸対策室を設置し、地震に関する情報収集や被害状況の把握に努める。安倍晋三首相は被害状況の把握、災害応急対策に全力を尽くすように指示したと述べた。

ホンジクリニックは日本赤十字を通し、３６万円（日本円）を募金させて頂きました。被害を受けられた熊本の皆さまが一日でも早く元の生活に戻れますように、スタッフ一同お祈り申し上げます。