當妊娠20週以內連續三次以上的流產就稱之為習慣性流產，約每一百對夫婦鐘就有一對因習慣性流產所導致的不孕。

習慣性流產的病因相當複雜，任何影響胚胎著床生長的各種因子都會引起流產。可能導致的因素主要有: 染色體異常、內分泌異常、子宮異常、子宮頸閉鎖不全、感染以及免疫問題等。

染色體不全

染色體異常會造成胎兒死亡進而引發流產，檢查流產胚胎染色體發現有40%的染色體發生重複異常。對於因為染色體異常所導致的流產可以進行胚胎床前基因篩檢來檢測植入胚胎染色體，選出染色體正常的胚胎進行植入以減低因染色體異常所導致的流產。

內分泌不全

甲狀腺功能異常不論是低下或亢進，一般多會導致不孕或流產，另外糖尿病、高泌乳素以及高雄性素都可以引起習慣性流產。在臨床上最常見的是因黃體素不足或不全所引起的重複性流產，因黃體素不足所導致的流產常發生於孕程六到七週。若患者確診是因內分泌不全所引發的習慣性流產，只要針對病因加以治療，有效控制內分泌是可以成功治癒的。

子宮異常

先天性子宮異常包含: 雙子宮、雙子宮角和子宮中隔等，子宮異常會造成胚胎著床問題以及生長問題，進而引發流產。後天性子宮異常也會造成流產，例如: 子宮沾黏和子宮頸閉鎖不全等，因子宮沾黏導致子宮內空間狹窄或內膜過薄，造成胚胎不易著床或流產。另外子宮內膜下的肌瘤也是流產的原因之一。

感染

因弓型原蟲、梅毒、肺結核、德國麻疹和疱疹病毒都可以是引起流產的原因，但許多人經過治療後還是未能改善流產的問題。

免疫問題

母體自體免疫，如母親有全身性紅斑性狼瘡、原發性血小板過少等潛在性自體免疫疾病其流產率以及胎兒異常率都會明顯增加。

半異體免疫問題，哺乳動物的妊娠以器官移植的角度來說，可說是一種成功的半異體移植。理論上，胎兒對母體而言帶有一半父親的抗原，在任娠中可能會被排斥，神奇的是這種現象在懷孕過程中沒有發生，母體和胎兒相安無事。

對於習慣性流產的婦女，一般先做染色體檢查，確認子宮是否異常以及賀爾蒙的檢查，若有免疫上問題會給予低劑量的阿斯匹林或甘素治療，只要找的病因對症下藥治癒的成功率約70%。